Nóatún á sér langa sögu sem nær allt aftur til 31. október 1960, þegar Jón Júlíusson, stofnandi Nóatúns, keypti verslunina Þrótt í Samtúni. Fyrstu Nóatúnsverslunina opnaði Jón fimm árum síðar, eða 1965, að Nóatúni 17. Nafn Nóatúns sótti Jón í íslenska goðafræði, þar sem sjávarguðinn Njörður bjó í Nóatúnum. Á næstu árum var vöxtur fyrirtækisins ör og búðunum fjölgaði ört.  Verslanirnar eru  nú 5 talsins og óhætt að segja að Nóatún sé eitt þekktasta vörumerki landsins. 

Verslanir Nóatúns eru sem hér segir: 

Nóatún Nóatúni
Nóatún Hamraborg
Nóatún Hringbraut
Nóatún Austurveri
Nóatún Grafarholti 

Allt frá upphafi hefur Nóatún lagt megináherslu á sérhæfingu og góða þjónustu með mat og kjötvörur.  Í dag eru fisk- og kjötborð Nóatúns framúrskarandi og gefur Nóatún sig út fyrir að vera sú matvöruverslun sem er best í kjöti og ferskust í fiski. 

Árið 1996 hófst samstarf Nóatúns og Kaupfélags Árnesinga. Í sameiningu stofnuðu þessi fyrirtæki innkaupa- og dreifingarmiðstöðina Búr. Þremur árum síðar eignaðist Nóatún helmingshlut á móti KÁ í 11-11 verslunarkeðjunni. Þann 1. maí 1999 var rekstur þessarra þriggja verslanakeðja sameinaður undir nafni Kaupáss hf.  Ári síðar keypti Eignarhaldsfélag Alþýðubankans (EFA) Kaupás hf. 

Í október 2003 keypti Jón Helgi Guðmundsson Kaupás hf. og þar með talið allar verslanir Nóatúns.